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GelRed使用過程中的常見問題
Release Time：2022-03-01GelRed 完美替代 溴化乙錠 (EtBr)
溴化乙錠 (EtBr) 一直是核酸染色的首選產(chǎn)品； 但是，您可能很清楚使用這種化學(xué)品所涉及的風(fēng)險。BIOFOUNT 推出的一種更受歡迎、更安全的替代品是 GelRed。 如果您一直在對該產(chǎn)品或其他替代品進行任何類型的研究，本文將幫助回答您關(guān)于 GelRed 靈敏度、安全性、使用和故障排除的一些大問題。
GelRed 是一種高度敏感的熒光核酸染料，當(dāng)被透照儀激發(fā)時會起作用。 GelRed旨在替代被認為具有致癌性和致突變性的 EtBr。 眾所周知，GelRed@TM 非常敏感，無需脫色步驟。 為了讓制造商確保其設(shè)計是安全的，GelRed@TM 進行了各種測試，結(jié)果表明它是無毒、無誘變性和無危險的，即使在非常高的濃度下也是如此。 GelRedTM 具有安全性更高、處置麻煩更少的優(yōu)勢，同時仍提供與 EtBr 功能相似的結(jié)果。
有了這些優(yōu)點，缺點是什么？ 好得令人難以置信嗎？ 為了回答這個問題，讓我們看看人們在使用 GelRed@TM 之前或期間遇到的一些最常見的問題：
GelRed 是如何工作的？
與溴化乙錠一樣，GelRedTM 是一種嵌入 DNA 的核酸染料。GelRed 僅通過嵌入結(jié)合。
當(dāng)顯示紫外光時，嵌入的 GelRed TM 會發(fā)出熒光，產(chǎn)生明亮的橙色光。 兩種產(chǎn)品的光譜幾乎相同； 然而，GelRedTM 被認為是比 EtBr 更安全的替代品，而且更敏感。 GelRedTM 的另一個好處是它能夠與 dsDNA、ssDNA 和 RNA 一起工作，而對于 dsDNA，它的靈敏度是 ssDNA 和 RNA 的兩倍。
如果 GelRed 是一種嵌入劑，為什么它沒有與溴化乙錠相同的風(fēng)險？
這真是一個好問題！ 如果它仍然要直接與 DNA 結(jié)合，想知道它如何才能真正安全似乎是合乎邏輯的。 雖然 GelRed 和 EtBr 都嵌入 DNA，但 GelRed 的創(chuàng)建使其不會穿透細胞膜。 因為它不能穿透細胞膜，所以 GelRedTM 對活細胞沒有毒性。
當(dāng) GelRed TM 和 GelGreen TM 被開發(fā)出來時，科學(xué)家們專注于創(chuàng)造一種具有三個主要特征的產(chǎn)品：它不能穿透乳膠手套，它不能穿透細胞膜，它會被代謝成化合物 與DNA幾乎沒有相互作用。
為確保 GelRed TM 和 GelGreen TM 實現(xiàn)這些目標(biāo)，GelRed TM 和 GelGreen TM 使用手套穿透測試、Ames 測試、細胞滲透性和細胞毒性測試以及環(huán)境安全測試進行了測試。
GelRed 與 溴化乙錠 相比如何？
為了回答這個問題，讓我們以幾種不同的方式將 GelRedTM 與 EtBr 進行比較：
※ 安全
※ 程序
※ 成本
※ 靈敏度
※ DNA遷移
下面的圖表已經(jīng)可以開始幫助可視化比較的各個方面。 眾所周知，GelRed 使用起來比 EtBr 更安全，但它也具有相同（如果不是更好）的靈敏度，在易于處理方面表
GelRed 染色的最佳使用條件是什么？如何防止 DNA 條帶模糊？我應(yīng)該為 GelRed 使用什么過濾器？
確保優(yōu)化程序的第一個重要方法是使用 GelRedTM 而非預(yù)制凝膠進行后染色。后染色將降低 GelRedTM 干擾 DNA 遷移的風(fēng)險，并為您提供最佳靈敏度。如果您正在使用聚丙烯酰胺凝膠，請完全避免使用預(yù)制染色劑，因為不建議這樣做。
如果您進行了預(yù)制染色并且條帶變得模糊，您可以嘗試一些方法來解決此問題：
將 DNA 上樣量減少二分之一至三分之一（<400ng）。 GelRedTM 比溴化乙錠更敏感。拖尾條帶通常是過載的結(jié)果，這通常在 DNA 梯中觀察到。
切換到后染色而不是預(yù)制染色。
嘗試倒入較低百分比的凝膠，尤其是在處理較大的片段時。
如果您使用的是 TAE 緩沖液，請嘗試使用 TBE。 TBE 具有比 TAE 更高的緩沖能力。
為什么 GelRed 會改變 DNA 的遷移？
GelRedTM 影響 DNA 遷移的原因有很多。 請記住，所有核酸染料都會對 DNA 的移動方式產(chǎn)生一定的影響。 GelRedTM 是一種比 EtBr 重得多的染料，GelRed 對 DNA 的親和力意味著凝膠中加載的 DNA 越多，GelRedTM 與 DNA 結(jié)合并扭曲該片段的運動的次數(shù)就越多。
一些防止或最小化 GelRedTM 對遷移影響的建議是： 將其用作后染色劑（我們對此再強調(diào)不過分）。 確保您的 GelRedTM 儲備溶液已適當(dāng)稀釋。 您可能還需要減少您使用的 DNA 量，以盡量減少遷移干擾的影響。
GelRed 和 GelGreen 有什么區(qū)別？
第一個主要區(qū)別是每種產(chǎn)品的熒光。 如您所料，GelRedTM 會發(fā)出類似于溴化乙錠的紅色熒光。 正如您所料，GelGreenTM 會發(fā)出與 SYBR® Green 非常相似的綠色熒光。 任何一種產(chǎn)品都可以與紫外線透射儀一起使用。
另一個區(qū)別是染色敏感性。 GelRedTM 是一種比 GelGreenTM 更敏感的染色劑（靈敏度大約是 GelGreenTM 的五倍），尤其是對于單鏈核酸。
在應(yīng)用方面，GelRed與聚丙烯酰胺凝膠兼容，但不推薦用于 GelGreenTM。
最后，使用 GelGreen 的一個優(yōu)點是它與藍光透射儀的兼容性，如果您想避免紫外線照射，這將很有幫助
DMSO GelRed 和水性 GelRed 有什么區(qū)別？
我們提供 DMSO 或水中的 GelRedTM 和 GelGreenTM 產(chǎn)品。 但是，建議選擇有助于防止使用中任何潛在危害的水配方，因為 DMSO 能夠被皮膚吸收。 這兩種選擇仍然適用于長期使用 DMSO 配方的研究人員。
GelRed 是否與 ssDNA 和 RNA 兼容？它與Southern印跡兼容嗎？
GelRedTM 絕對兼容單鏈 DNA 和 RNA。然而，它對雙鏈 DNA 的靈敏度是其兩倍。
對于 Southern 印跡應(yīng)用，GelRedTM 是兼容的。但如果您進行印跡應(yīng)用，強烈建議使用染色后方案。
GelRed 與哪些下游應(yīng)用兼容？
GelRedTM 在結(jié)構(gòu)上與溴化乙錠相似，并且與下游 DNA 應(yīng)用兼容，包括限制性消化、連接、測序和克隆。 GelRedTM 還與氯化銫梯度兼容，可用于 Southern 印跡應(yīng)用和 Comet 測定（單細胞凝膠電泳）。
GelRedTM 的另一個好處是它與紫外線透射儀兼容，無需更改設(shè)置；您可以使用 GelRedTM 的溴化乙錠過濾器。 SYBR® 和 GelStarTM 過濾器也與 GelRedTM 兼容。
如何解決 GelRed 的問題？
我們的 GelRedTM Nucleic Acid Gel Stain, 10,000X 實驗方案包含大量故障排除信息，如果您遇到預(yù)制凝膠中的條帶拖尾、預(yù)制凝膠中 DNA 遷移差異或熒光弱等問題，這些信息將特別有用。
