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異喹啉生物堿不是結構上均一的基團。根據(jù)不同程度的氧合，分子內(nèi)重排，它們的分布以及與主系統(tǒng)連接的其他環(huán)的存在，它們可以分為八個亞組：芐基異喹啉，阿樸啡，原小檗堿，苯并菲定，原平，鄰苯二甲異喹啉，嗎啡，和苦艾堿生物堿。 在列出的亞組中，原小檗堿是最大的組，它們占異喹啉生物堿所有闡明結構的25％，這使它們成為天然產(chǎn)物中最廣泛的含氮次生代謝產(chǎn)物。異喹啉生物堿廣泛分布于罌粟科（其中以四氫堿基形式存在），小檗科植物、延胡索科植物、防己科植物、毛茛科植物、蕓香科植物和番荔枝科植物（以脫氫形式存在）。木蘭科和旋花科的一些植物也富含這些生物堿。